در حالی که ائمه جمعه در سراسر ایران در اظهارات مشابهی مدعی شدند «حمله سمی با گاز» به مدارس دخترانه در ایران کار جمهوری اسلامی نیست، ابراهیم رئیسی نیز مدعی شد مسموم‌سازی دانش‌آموزان «ترفند دشمن» است.
رئیسی روز جمعه ۱۲ اسفند در یک سخنرانی در استان بوشهر گفت: «دشمن با ترفند و راه‌اندازی مساله مسمومیت دانش‌آموزان به دنبال ناامیدسازی مردم است.»
او در ادامه گفت: «دشمن می‌خواهد در مدارس ایجاد دلهره و با ناامنی و فضای ترس و ناامیدی در حوزه‌های مختلف ایجاد آشوب کند.»
این اظهارات در حالی است که با گذشت سه ماه از مسمومیت‌های سریالی در مدارس ایران، مقام‌های امنیتی و نیروی انتظامی مدعی هستند هنوز کسی به عنوان عامل حملات شناسایی نشده است.
از سوی دیگر در حالی که پیش از این مقام‌های جمهوری اسلامی اصل ماجرای مسمومیت‌ها را انکار می‌کردند، اکنون انجام این حملات را متوجه «دشمن خارجی» می‌دانند که الگویی تکرار‌شونده در رفتار حاکمان جمهوری اسلامی است.
در نمونه دیگری از این اظهارات، حسن عاملی، امام جمعه اردبیل در خطبه‌های نماز جمعه روز ۱۲ اسفند این شهر مدعی شد: «من با قاطعیت تمام عرض می‌کنم سر سوزنی احتمال ندارد که مسمومیت فرزندان عزیز ما کار نظام باشد.»
او افزود: «این حادثه نه تنها ذره‌ای فایده به نظام ندارد بلکه بدترین خدشه و تشویه بر چهره نظام اسلامی است. کدام دولت عمدا چهره خود را خراب می‌کند؟»
در واکنش به این اظهارات، مهدی نخل احمدی، روزنامه‌نگار و فعال مدنی در توییتی به شلیک سپاه پاسداران به هواپیمای اوکراینی اشاره کرد و نوشت که آن زمان گفته می‌شد امکان ندارد این کار را «نظام» کرده باشد.
او واکنش‌ها به کشته شدن مهسا امینی را هم از همین جنس دانست.
اما محمد سعیدی، امام جمعه قم نیز در نماز جمعه این شهر گفت: «بدون شک این کار غیرانسانی نشان از توطئه جریانی خائن دارد.»
این در حالی است که برخی مراجع قم از حکومت در این زمینه انتقاد کرده‌اند.
عبدالله جوادی آملی در دیدار با وزیر آموزش و پرورش جمهوری اسلامی گفت: «مشخص نشدن منشا مسمومیت دانش‌آموزان در مدارس رعب‌آور است و لازم است مسوولین با مدیریت این کار را هرچه زودتر سامان ببخشند و مردم را از نگرانی در بیاورند.»
همچنین اصغر ناظم‌زاده قمی هم در پیامی خطاب به مسوولان جمهوری اسلامی نوشت: «مگر در خواب رفته‌اید و نمی‌بینید سه ماه است دختران و پسران و کودکان معصوم، در مدارس و حتی دانشجویان در خوابگاه‌ها از موج این مسمومیت در حال اضطراب و بستری شدن هستند و روح و جسمشان در خطر است و آرامش ندارند. شکایت این پریشان احوالی ملت را باید به کجا برد؟!»
او افزود: «اگر نمی‌توانید چنین مشکلاتی را حل کنید از فرهیختگان ملت بهره گیرید. اگر مردم را قبول ندارید از سازمان‌های بین‌المللی کمک بگیرید.»
ناظم‌زاده قمی گفت: «لج‌بازی با مردم، حرف درمانی و شعار، تحمیق و تحقیر، توجیه کردن و گناه را بر گردن دشمن داخلی و خارجی انداختن بس است. متاسفانه شما آبروی دین، روحانیت و حتی نظامی که خودتان بر اریکه آن تکیه زده‌اید را هم لطمه زده‌اید به طوری که روحانیان در بسیاری موارد از خجالت انتقادهای مردم نمی‌توانند سر بلند کنند.»
او در پایان نوشت: «مسوولین حکومت، امیدوارم هر چه زودتر تا دیر نشده، نگذارید خشم مردم شعله‌ورتر از این شود و این آتش خشم - که همانا خشم خداست - تار و پود همه را بر باد دهد.»
محمدجواد اکبرین، دین‌پژوه نیز مسوول حمله‌ها به مدارس دخترانه را گروه‌های تندرو در درون جمهوری اسلامی دانست.
او در حساب خود در توییتر نوشت: «پیش از شروع عملیات مسموم‌سازی دختران دانش‌آموز، خامنه‌ای از ضرورت "تنبیه نوجوانان" در انقلاب "زن زندگی آزادی" گفت. مدتی بعد هم در جمع روحانیانی از قم، بر ضرورت "ترویج تفکر مصباح" تاکید کرد. مهدی میرباقری، رهبر جریان بنیادگرای مخالف تحصیل دختران، سخنران شب‌های محرم بیت رهبری است.»