پس از دو هفته غیبت و شایعه، اسماعیل قاآنی در سکوت در سیمای جمهوری اسلامی ظاهر شد
سیمای جمهوری اسلامی بامداد سه‌شنبه، ۲۴ مهر، هنگام گزارش ورود جنازه عباس نیلفروشان، معاون عملیات سپاه پاسداران، برای دقایقی چهره اسماعیل قاآنی، فرمانده نیروی قدس سپاه پاسداران، را نشان داد.
در این گزارش، اشاره‌ای به محل اقامت قاآنی در دو هفته اخیر نشد، اما چنین وانمود شد که او به همراه جنازه عباس نیلفروشان به تهران بازگشته است.
آخرین باری که اسماعیل قاآنی در رسانه‌ها مشاهده شد، ۹ مهرماه، دو روز پس از کشته شدن حسن نصرالله دبیرکل حزب‌الله لبنان در حمله هوایی اسرائیل به ستاد فرماندهی این گروه در ضاحیه در حومه جنوبی بیروت بود. قاآنی در آن زمان به دفتر نماینده حزب‌الله در تهران رفت.
در جریان حمله روز هفتم مهرماه اسرائیل به ستاد فرماندهی حزب‌الله در جنوب بیروت، عباس نیلفروشان، معاون عملیات سپاه پاسداران که گفته می‌شود ئس از کشته شدن محمد رضا زاهدی در حمله به ساختمان کنسولگری جمهوری اسلامی در دمشق مسئولیت لبنان را برعهده گرفته بود، به همراه حسن نصرالله و شماری از چهره‌های ارشد حزب‌الله کشته شد.
پس از آن هیچ خبر، عکس یا فیلمی از اسماعیل قاآنی منتشر نشد. غیبت او در نماز جمعه‌ای که به امامت علی خامنه‌ای برگزار شد، و نیز غیبت در مراسم اهدای نشان به امیرعلی حاجی‌زاده، فرمانده نیروی هوافضای سپاه پاسداران، بر دامنه سوالات درباره سرنوشت قاآنی افزود.
در حالی که برخی رسانه‌ها ابتدا احتمال کشته شدن او در کنار هاشم صفی‌الدین، اصلی‌ترین نامزد جانشینی حسن نصرالله در حمله بامداد جمعه ۱۳ مهر را منتشر کردند، میدل ایست آی، رسانه نزدیک به حکومت قطر، هفته گذشته خبر داد که قاآنی در بازداشت و بازجویی به سر می‌برد و در جریان بازجویی دچار حمله قلبی شده و به بیمارستان منتقل شده است.
براساس این گزارش، رهبران جمهوری اسلامی در پی یافتن منشاء نفوذ عمیق اسرائیل به دستگاه‌های نظامی و امنیتی خود و دلایلی که به کشته شدن حسن نصرالله و عباس نیلفروشان انجامید، هستند و احتمال می‌دهند که وسایل ارتباطی اسماعیل قاآنی هک شده باشد.
میدل ایست آی همچنین خبر داده بود که رییس دفتر قاآنی نیز به اتهام جاسوسی برای اسرائیل بازداشت شده است.
خبرگزاری تسنیم، وابسته به سپاه گزارش‌ها درباره تحت بازجویی بودن قاآنی را تکذیب کرد، اما با وجود همه شایعات و گمانه‌زنی‌ها، هیچ یک از مقامات و رسانه‌های جمهوری اسلامی توضیحی درباره قاآنی و علت غیبت ناگهانی او منتشر نکردند.
حسین دقیقی، مشاور عالی فرمانده کل سپاه، روز جمعه ۲۰ مهر، غیبت و بی‌خبری از اسماعیل قاآنی در صحنه‌های عمومی نظیر نماز جمعه را «نشان از تمرکز بر وظیفه‌شناسی و مسئولیت‌پذیری نیروهای مسلح نظام» خواند.
حسین شریعتمداری، نماینده خامنه‌ای در روزنامه کیهان، نیز روز یکشنبه ۲۲ مهر، پاسخ ندادن سپاه پاسداران به شایعه‌ها درباره غیبت اسماعیل قاآنی را «موفقیتی چشمگیر» خواند و افزود که سپاه «در حالی که هیچ نکته‌ای از نگاهش پنهان نیست، به هیچ‌یک از شایعات پاسخ نداد و دشمن را در حالتی از گیجی و منگی تنها گذاشت.»
جنازه عباس نیلفروشان بیش از دو هفته پس از کشته شدن، بامداد سه‌شنبه ۲۴ مهر از طریق بغداد به تهران رسید. پیش‌تر فرمانده سپاه استان اصفهان اعلام کرده بود علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، برای او نماز میت خواهد خواند.