یاسر هاشمی، فرزند اکبر هاشمی رفسنجانی، در یادداشتی از رفتار حسن روحانی در برابر مرگ مشکوک پدرش انتقاد کرد و نوشت که وزارت اطلاعات دولت او در بستن این پرونده عجله داشته است.
یاسر هاشمی این یادداشت را پس از کناره‌گیری محمدجواد ظریف از کابینه مسعود پزشکیان و خطاب به ظریف منتشر کرد.
ظریف شامگاه ۲۱ مرداد با انتشار پستی در اینستاگرام ضمن ابراز نارضایتی از به نتیجه نرسیدن کار کمیته‌های انتخاب وزرا و ناتوانی خود در این زمینه، نوشت: «شرمنده‌ام .... این کاستی‌ها برای بنده ادامه راه را در دانشگاه رقم زد.»
هاشمی با اشاره به حمایت هاشمی رفسنجانی از روحانی در جریان انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۹۲ نوشت که اطرافیان مسعود پزشکیان پس از پیروزی، همان شیوه‌ای را در پیش گرفته‌اند که حلقه اول اطرافیان روحانی با پدرش در پیش گرفته بودند.
یاسر هاشمی به آن چه «بی‌احترامی» کسانی چون حسین فریدون، برادر حسن روحانی، محمود واعظی و محمدباقر نوبخت به هاشمی رفسنجانی خواند، اشاره کرد و افزود که حتی خود روحانی با پدرش «نامهربانی» و «قدرناشناسی» کرد.
او نوشت: «البته رشد تدریجی غرور دکتر روحانی از توجه هفت درصدی جامعه تا رای ۲۴ میلیونی، خود ماجرایی دیگر است.»
یاسر هاشمی به عنوان نمونه به «بی‌توجهی روحانی به جلسات مجمع تشخیص مصلحت نظام» به ریاست هاشمی رفسنجانی اشاره کرد و نوشت که روحانی به «تلفن‌ها و توصیه‌های مشفقانه» پدرش پاسخ نمی‌داد.
او به نحوه مرگ پدرش اشاره کرد و نوشت: «وزارت اطلاعات دولت یازدهم به جای اقناع ایرانیان و جهانیان، پا به پای دیگر مراکز اطلاعاتی و امنیتی کشور، به تسریع در بستن آن پرونده همیشه باز می‌کوشید.»
۱۹ دی ۱۳۹۵ خبر مرگ هاشمی رفسنجانی پس از آن منتشر شد که او برای شنا به استخر کوشک متعلق به مجمع تشخیص مصلحت واقع در نزدیکی مجموعه سعدآباد رفته بود.
علت مرگ او «عارضه قلبی» اعلام شد.
به دنبال مرگ هاشمی رفسنجانی، فاطمه هاشمی، دختر او به روزنامه اعتماد گفت که دو ماه قبل از فوت پدرش دو نفر در دانشگاه به او مراجعه کرده و گفته‌اند: «ما آمده‌ایم که بگوییم می‌خواهند پدر شما را بکشند و طوری او را می‌کشند که خودتان هم فکر می‌کنید به مرگ طبیعی فوت کرده است.»
در پی این سخنان فاطمه هاشمی، علی شمخانی، دبیر وقت شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی به سایت نورنیوز گفت پس از مرگ هاشمی کمیته ویژه‌ای برای بررسی آن تشکیل شد.
شمخانی افزود پس از بررسی همه ابعاد، مرگ او «بدون هیچ‌گونه ابهامی، کاملا طبیعی اعلام شد».
شمخانی با حکم روحانی به دبیری شورای عالی امنیت ملی منصوب شده بود.
به جز هاشمی رفسنجانی، پرونده‌های مرگ مشکوکی درباره دیگر مقامات و چهره‌ها در جمهوری اسلامی وجود دارد. از جمله محمد روحانی، پسر حسن روحانی که در خانه‌‌اش واقع در پایگاهی نظامی در جنوب تهران، به قتل رسید.
او در زمان قتل، دانشجوی خلبانی بود.
حسین موسویان، دیپلمات سابق جمهوری اسلامی که معاون روحانی در زمان تصدی ریاست شورای عالی امنیت ملی بود، به مجله تایم گفت که پسر بزرگ روحانی با انگیزه سیاسی به قتل رسیده است.
جزییات این قتل هرگز فاش نشد.
آن‌گونه که موسویان گفته است، روحانی پس از چند سال پی‌گیری ماجرا، «تصمیم گرفت تا سکوت کند و دنباله مساله را نگیرد».