نهضت آزادی کشته شدن هنیه را «ترور وحشیانه روانشاد اسماعیل هنیه، مجاهد نستوه» توصیف کرد
نهضت آزادی ایران در بیانیه‌ای «ترور وحشیانه روانشاد اسماعیل هنیه، مجاهد نستوه» را قویا محکوم کرد و این «اقدام تروریستی» اسرائیل را «نقض آشکار حاکمیت ملی و تمامیت ارضی و تجاوز به خاک ایران» خواند.
این بیانیه با اشاره به اینکه اسرائیل پس از تشدید فشار افکار عمومی جهان و ناکام ماندن در نابودی حماس، به دنبال گسترش دامنه جنگ و رویارویی مستقیم آمریکا و ایران است گفت با توجه به وعده دولت پزشکیان برای بهبود روابط با کشورهای همسایه و تنش‌زدایی در روابط بین‌الملل، اسرائیل مکان تهران و زمان تحلیف پزشکیان را برای ترور هنیه برگزید.
نهضت آزادی به مقام‌های جمهوری اسلامی به طور موکد توصیه کرد که در راستای منافع و امنیت ملی، از هرگونه تصمیم‌گیری و اقدام شتابزده و احساسی برای انتقام‌گیری که می‌تواند خواست دولت نتانیاهو را برآورده کند، بپرهیزند.
