«هیچ کودک افغانستانی، حتی مهاجرینی که به‌صورت غیرقانونی و بی‌مدرک در ایران حضور دارند، نباید از تحصیل بازبمانند و همه‌ آنها باید در مدارس ایرانی ثبت‌نام شوند». این، گفته آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران در اردی‌بهشت سال ۹۴ است. علی خامنه‌ای زمانی این دستور را صادر کرد که کودکان غیرایرانی در مدارس مورد توهین قرار گرفتند. بسیاری از مدارس از ثبت‌نام دانش‌آموزان افغانستانی سرباز می‌زدند و بعضی از آنها در مدرسه مورد تحقیر و تنبیه قرار می‌گرفتند. واکنش‌های مردم به این مسائل در فضای مجازی و پرداختن رسانه‌ها به این موضوع، موجب شد که مسؤولان برای این مسأله چاره‌اندیشی کنند. این رخدادها باعث شد که شخص اول مملکت نسبت‌به آن واکنش نشان دهد. او به مسؤولان دستور داد که  شرایط تحصیل را برای تمامی دانش‌آموزان خارجی، چه قانونی و چه غیرقانونی، فراهم کنند.

با صدور این دستور از سوی شخص اول مملکت، یک‌سال زمان سپری شد تا هیأت وزیران  با تشکیل جلسه‌ای به پیشنهاد  وزارت دادگستری و به استناد اصل یک‌صدوسی‌وهشتم قانون‌اساسی جمهوری اسلامی ایران، آیین‌نامه نحوه آموزش اتباع خارجی را تشریح کند. به موجب این آیین‌نامه، اتباع خارجی افغانستانی، اعم از پناهنده و مهاجر می‌بایست در هنگام ثبت‌نام  کارت هویت ویژه اتباع خارجی، دفترچه پناهندگی، برگ تردد خروجی مدت‌دار،  گذرنامه که دارای پروانه اقامت و یا روادید معتبر با اعتبار ۶ماه باشد و همچنین کارت ویژه حمایت تحصیلی برای اتباع خارجی را به‌همراه داشته باشند.

از زمان صدور این آئین‌نامه، شرایط تحصیلی کودکان اتباع افغانستان نسبت‌به گذشته آسان‌تر شد و اکنون پس از گذشت یک‌سال از صدور قانون تحصیل رایگان برای اتباع خارجی، امروز، ۲۹ اردی‌بهشت، علی حسینی، معاون مرکز امور بین‌الملل و مدارس خارج از کشور وزارت آموزش و پرورش، از آغاز ثبت‌نام رایگان دانش‌آموزان اتباع افغانستانی در تیرماه خبر داد.

حسینی با اعلام این خبر و با بیان این‌که ثبت‌نام دانش‌آموزان اتباع، طبق روال سال گذشته خواهد بود، گفت: «آئین‌نامه مربوطه تنظیم شده و در تیرماه ابلاغ می‌شود.»

او در ادامه خاطرنشان کرد: «ثبت‌نام از اتباع، معمولاً سه ماه قبل از شروع مدارس و پس از امتحانات و در تیرماه آغاز می شود. البته آزمایشات و مراحلی برای پایه اولی‌ها انجام می‌شود که کمی زمان‌بر است، اما برای مابقی که در یک مقطع مشغول تحصیل هستند و جابجایی میان پایه ندارند، ثبت‌نام همانند دیگر دانش‌آموزان در همان مدرسه انجام می‌شود.»
معاون مرکز امور بین‌الملل و مدارس خارج از کشور وزارت آموزش و پرورش در پاسخ به این سؤال که آیا آن دسته از دانش آموزان فاقد مدارک هویتی که سال گذشته گواهی از وزارت کشور دریافت کردند، باید دوباره آن را تمدید کنند، گفت: «این بستگی به تصمیم وزارت کشور دارد و همه این موارد در آئین‌نامه  وزارت کشور قید خواهد شد. اما  احتمالاً آن دسته که سال گذشته گواهی موقت داشتند، باید مجدداً از طریق دفاتر کفالت آن را تمدید کنند؛ اما اتباعی که چندسال است در مدارس ما تحصیل می‌کنند، نیازی به این کار ندارند.»

براساس آخرین آمار اعلام‌شده در سال ۱۳۹۴ از سوی معاون مرکز بین‌اللل و مدارس خارج از کشور، ۳۸۰ هزار دانش‌آموز افغانستانی در ایران تحصیل می‌کنند.