با آنکه بخاطر سیاستهای محدود کننده شورای نگهبان ، وضعف و تضادهای درونی  جناح های اصولگرا، روحانی فاقد رقیب جدی درانتخابات است. اما علیرغم این با چالشهایی نیز روبروست :

۱-رکود و اشتغال  :

مسئله رکود اقتصادی و نرخ بالای بیکاری به ویژه در میان تحصیل کردگان از مشکلات جدی دولت روحانی بویژه در شهرستان‌ها به شمار می‌رود وهمین مسئله است که رقبای او یعنی رییسی و قالیباف بیشترین سرمایه گذاری را بر روی این نقطه ضعف کرده اند وعمده شعارهای انتخاباتی آنها جذب آرا افرادی است که مشکل اشتغال دارند.

۲-فقدان شعار محوری انتخاباتی :

برخلاف انتخابات قبل که حل مسئله هسته‌ای محور شعار انتخاباتی روحانی بود، در انتخابات فعلی دولت فاقد شعاری جذاب برای تصویر آینده  بهتر است و بیشتر مسئله استمرار وضع موجود را برجسته می سازد و به صورت تدافعی از کارنامه اقدامات خود دفاع می کند .

۳-فقدان ارتباط گسترده با جامعه :

کاراکتر روحانی برخلاف سید محمد خاتمی فاقد کاریزمای شخصی است و فاصله گیری او از گروه‌های اجتماعی و نخبگان و عدم  تحرک  جغرافیایی  مناسب او در سفر به شهرستان‌ها می‌تواند نقطه ضعفی از جنبه تبلیغاتی و جذب آرا برای اوشود .

۴-تضاد علنی با نهادهای قدرت :

بنظر می‌رسد رهبری ایران، نگاه روحانی نسبت به برجام ودور کردن سایه جنگ از ایران  و دیدگاه تعاملی وی در ارتباط با غرب  را مخرب برای طرز فکر خود می‌داند و در سخنرانی اخیرش ،علیرغم شروع تبلیغات انتخاباتی مستقیما به او انتقاد کرد ،امری که در انتخابات‌های قبل  کم سابقه بوده است .علاوه براین زاویه گیری روحانی با سپاه پاسداران که منجر به جدال‌های کلامی علنی او با این نهادها شده که نقد او از شلیک موشکی سپاه بعد از برجام درمناظره دوم و پاسخ تند سپاه به او از جمله این چالش‌ها می باشد .این چالش‌های علنی و تضاد آشکار نهادهای قدرت  با روحانی حتی این ظن را ایجاد کرده است که ممکن است در مسیر انتخابات دخالت‌هایی نیز صورت گیرد .

چالش‌های روحانی و تاثیر آن بر نتیجه انتخابات در روزهای آتی در نحوه برگزاری انتخابات و نوع آرا مردم مورد سنجش قرار خواهد گرفت.