در پی شکایت معاونت حقوقی نیروی انتظامی از شهردار تهران به دلیل ارائه گزارش‌هایی مبنی بر عقد قرارداد میلیاردی با ناجا و غیرواقعی خواندن آن، شهردار تهران به این شکایت واکنش نشان داد.
به گزارش ایلنا، محمدعلی نجفی روز سه‌شنبه سوم بهمن در خصوص شکایات ناجا از شهرداری به علت اظهارات گفته شده در صحن علنی شورا مبنی بر دریافت مبلغی  برای اخذ دو قرارداد در دوره شهردار قبلی گفت: «من در آن زمان موضوع و طرف صحبتم اصلا ناجا نبود من در خصوص یک عضو دانشگاه صحبت کردم، اما به نظر می‌رسد، مسئولان ناجا دقت نکردند، حتی روز بعد هم مرکز روابط عمومی و امور بین الملل شهرداری طی اطلاعیه‌ای اعلام کرد که طرف صحبت من ناجا نبوده است و من هم شنیده‌ام که شکایتی صورت گرفته است.»

نجفی، امروز نیز با انتشار توئیتی باردیگراعلام کرد که برای مبارزه با فساد آمده است. او نوشته است که: «من با آگاهی کامل از تبعات مبارزه با فساد به این عرصه آمده‌ام، برای پرداخت هزینه‌های بیشتر هم آماده‌ام و انتشار مطالب مملو ازدروغ و تهمت و بهتان مرا وادار به عقب‌نشینی نخواهد کرد. مبارزه واقعی با فساد باافشاگری‌‌های توخالی متفاوت است ومردم بهترین قضاوت کنندگان هستند»
 

من با آگاهی کامل از تبعات مبارزه با فساد به این عرصه آمده‌ام، برای پرداخت هزینه‌های بیشتر هم آماده‌ام و انتشار مطالب مملو از #دروغ و تهمت و بهتان مرا وادار به عقب‌نشینی نخواهد کرد.
مبارزه واقعی با #فساد با #افشاگری‌ های توخالی متفاوت است و #مردم بهترین قضاوت کنندگان هستند.#نجفی

— MohammadAliNajafi ‪(@NajafiMedia)‬ January 23, 2018

شهردار تهران در جلسه علنی روز  یکشنبه ۲۴ دی‌ماه، در  شورای شهر ، با ارائه گزارش ۱۰۰ روزه شهرداری و بررسی عملکرد شهرداری قبلی، از قراردادهای شهرداری با ناجا که پولش صرف انتخابات شد، افشاگری کرد.

به گفته نجفی، در بررسی پرونده‌های شهرداری، به مواردی از سوء‌استفاده برخورد شده که باید از طریق مراجع قضایی پیگیری شود.

گفته‌های شهردار تهران با واکنش‌های زیادی همراه بود که در پی اظهار نظر برخی از مسئولان جمهوری اسلامی، روز گذشته معاونت حقوقی نیروی انتظامی، در اطلاعیه‌ای از شهرداری تهران به دلیل ارائه گزارش‌های غیر واقعی درباره عقد قرارداد میلیاردی با ناجا در زمان انتخابات ریاست جمهوری شکایت کرد و از او خواست که گفته‌های خود را با سند ارائه دهد.