در پی ناپدید شدن سعید مرتضوی، دادستان پیشین حکومت جمهوری اسلامی،‌ مشاور روحانی، رئیس‌جمهور ایران در مورد فرار او هشدار داده و گفت که «مرتضوی حامل «رازهای سر به مهر » فراوانی است، مراقب باشیم، مرتضوی خاوری نشود؛ نه فرار کند و نه فراری داده شود.»

حسام‌‌‌الدین آشنا، امروز ۲۵ فروردین،‌در صفحه توئیتر خود یاد‌آوری کرده است که«بدون مرتضوی تاریخ قضایی ایران در طول بیش از یک دهه پنهان خواهد ماند.»

به گزارش روزنامه خراسان،‌ محسنی اژه‌ای، سخنگوی قوه قضاییه،‌روز پنج‌شنبه ۲۳ فروردین، در نشستی در دانشگاه علوم پزشکی مشهد، درباره اجرای حکم سعید مرتضوی، گفت: «حکم جلب وی  صادر شده ولی متأسفانه هنوز گیرش نیاورده‌اند، حالا نمی‌دانم چطور هست!»

اظهارنظر غلامحسین محسنی اژه‌ای درباره صادر شدن حکم جلب مرتضوی و ناپدید شدن وی در روزهای اخیر جنجالی و خبرساز شده و با واکنش‌های نهادهای حقوق بشری و کاربران شبکه‌های اجتماعی روبه‌رو شده است.

علی مجتهدزاده، وکیل دادگستری در توئیتر خود نوشت: «این موضوع که عنوان ‌گردیده سعید مرتضوی را گیرش نیاورد‌ه‌اند،  متأسفانه منجر به این تلقی گردیده که آقایان مردم را گیر آورده‌اند.»

آمنه شیرافکن، خبرنگار پارلمانی روزنامه شرق هم در توئیتر خود نوشته است، «خانوم‌ها، آقایون، هر کی سعید مرتضوی رو تو شهر و جاده دید، یه دود سفیدی بفرسته بالا، کمک کنیم مسوولان پیداش کنند. ثواب داره.»

سازمان دیده‌بان حقوق بشر نیز در گزارشی که امروز شنبه ۲۵ فروردین، در این ارتباط منتشر کرده، نوشته است، «قوه قضائیه ایران همزمان با پیگرد و زندانی کردن فعالان حقوق مدنی، چشمان خود را بر روی ناقضان حقوق بشر بسته است».

دیده‌بان حقوق بشر همچنین اشاره کرده است، « در مقایسه با اعمال ضدانسانی سعید مرتضوی با فعالیت‌های صلح‌آمیز کنشگران حقوق بشر در ایران، حتی دو سال زندان هم برای این دادستان بدنام یک مضحکه عدالت به‌نظر می‌رسد. نرگس محمدی یکی از این فعالان حقوق بشر تنها به‌خاطر یک دیدار چند دقیقه‌ای با کاترین اشتون نماینده ویژه سیاست خارجی اتحادیه اروپا به ده سال زندان محکوم شده است».

به گزارش این نهاد حقوق بشری،‌ «کمترین کاری که حسن روحانی در مقابل آن همه وعده‌های حقوق بشری برای انتخاب خود داده بود این است که مرتضوی را به‌عنوان یکی از ناقضان آن حقوق‌ها به پشت میله زندان بفرستند.»

سعید مرتضوی، از مقامات پیشین قضایی تهران و از متهمان پرونده کهریزک است، خبر حکم جلب او  ۱۲ اسفند ماه ۹۶ منتشر شد. در حالی که دور روز بعد، رییس کل دادگستری استان تهران درباره صدور این حکم اظهار بی‌خبری کرد و گفت: « از حکم جلب مرتضوی بی‌خبرم.»

شکنجه معترضان به نتایج اعلام شده انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ ایران و قتل زهرا کاظمی از مهمترین اتهامات وی شناخته می‌شود.