منابع خبری، از اعمال محدودیت‌هایی تازه برای محمد خاتمی خبر می‌دهند. بر اساس خبرهای منتشر شده، این محدودیت‌ها از سوی دادگاه ویژه روحانیت  اعمال شده است. گفته می شود این حکم به امضای ابراهیم رئیسی دادستان دادگاه ویژه روحانیت رسیده که در انتخابات دوازدهمین دوره ریاست جمهوری شرکت داشت و مغلوب حسن روحانی شد.

روز پنجشنبه ۱۳مهرماه، وبسایت کلمه گزارش داد که دادگاه ویژه روحانیت با ارسال نامه‌ای با امضای دادستان این دادگاه، «ابراهیم رئیسی»، به منزل محمد خاتمی، به وی ابلاغ کرده که به مدت ۳ماه نباید در هیچ مراسم سیاسی و تبلیغی شرکت کند. بر اساس این حکم، از این پس هرگونه حضور محمد خاتمی در جلسات، سالن‌ها، همایش‌ها، مراسم هنری، از قبیل تئاتر، کنسرت، و همینطور حضور در محافل مختلف غیرخانوادگی، حتی در جلسات خصوصی ممنوع شده است. همچنین ملاقات افراد حقیقی و حقوقی، مقامات دولتی، حوزوی، گروه‌های سیاسی، صنفی، دانشجویی و… با محمد خاتمی ممنوع است.
روز چهارشنبه ۱۲ مهر، محمدرضا تابش، نایب رئیس فراکسیون امید مجلس شورای اسلامی و خواهرزاده محمد خاتمی، به خبرگزاری ایسنا از «اعمال محدودیت‌های جدید در مورد رئیس دولت اصلاحات» خبر داد و از اعمال این محدودیت‌های تازه ابراز تاسف کرد. تابش همچنین گفت که برخی نمایندگان مجلس درباره صدور احکام قضایی برای هفت فعال سیاسی اصلاح طلب و همچنین اعمال محدودیت‌های جدید در مورد رئیس دولت اصلاحات، رایزنی‌هایی را با رئیس مجلس انجام داده‌اند. تابش افزود: «در شرایطی که کشور برای مواجهه با ترفندهای بدخواهان نیازمند اجماع و وحدت ملی است، صدور این قبیل احکام نسبت به فعالان سیاسی خوش سابقه و انقلابی، پیامدهایی منفی به‌دنبال خواهد داشت و ما خواستار آن هستیم که این موضوع با هدایت و دخالت موثر روسای هر سه قوه، علی الخصوص رئیس مجلس، فیصله پیدا کند و اجماع و وحدت ملی و هم افزایی بین جناح‌ها و گروه‌ها باعث شود تا دشمنان به مقاصد خود دست پیدا نکنند.»
پیش از این مقام‌های قوه قضاییه اعلام کرده بودند که محمد‌خاتمی، بر اساس مصوبه شورای‌عالی امنیت‌ملی  ممنوع‌التصویر است، اما این ادعا توسط  مقام‌های دولت حسن‌ روحانی، تکذیب شد.

حسن‌ روحانی در یک کنفرانس خبری در اسفندماه ۹۴ سخنان مقام‌های قوه قضائیه در ارتباط با ممنوع‌التصویر شدن محمد خاتمی بر اساس مصوبه شورای عالی امنیت ملی را «شوخی» خواند و اعلام کرد که چنین مصوبه‌ای وجود ندارد. در واکنش به این سخنان، غلامحسین محسنی‌اژه‌ای، سخنگوی قوه قضائیه، گفت که سخنان آقای روحانی «یا بر اساس مشغله زیاد است که ایشان یادشان رفته، یا اینکه مطلب را جدی نگفته و شوخی گفته است».

محمد خاتمی در دو انتخابات ریاست‌جمهوری گذشته از حسن روحانی حمایت کرد.