شورای نگهبان صحت انتخابات دوازدهمین دوره ریاست‌جمهوری را تایید کرد. سلمان سامانی، سخنگوی وزارت کشور با اعلام این خبر گفت: «دبیر شورای نگهبان در نامه‌ای اعلام کرده ‌است که پس از بررسی گزارش‌ها و شکایات واصله در جلسات شورای نگهبان، این شورا بر اساس ماده ۷۹ قانون انتخابات ریاست‌جمهوری در مجموع صحت انتخابات دوازدهمین دوره ریاست‌جمهوری را مورد تایید قرار داده است».
تایید صحت انتخابات ریاست جمهوری دوازدهم در شرایطی است که برخی شکایات و گزارش‌ها درباره روند برگزاری این انتخابات به قوه قضاییه ارسال شده است.سخنگوی وزارت کشور درباره شکایات از روند برگزاری انتخابات که به شورای نگهبان ارائه شده، گفته است: «طبق اعلام شورای نگهبان، شکایات و گزارشاتی راجع به فعالیت‌های انتخاباتی قبل از روز رای‌گیری و در روز رای‌گیری به آن شورا واصل شده بود که برخی از آنها پس از بررسی به مراجع قضایی ارسال شده است».
هم‌زمان عباسعلی کدخدایی، سخنگوی شورای نگهبان، با اشاره به پایان فرصت ۱۰ روزه رسیدگی به شکایت‌های انتخاباتی گفت: « پرونده برخی شکایت‌ها و تخلفات به قوه قضائیه ارسال شد و برخی هم صحت نداشت». او  با اشاره به جمع‌بندى شکایت‌ها در شورای نگهبان، افزود: «برخى از موارد نياز بود تا به اطلاع قوه قضايیه برسد و امروز نتيجه شكايات و انتخابات را به اطلاع وزارت كشور رسانديم».
ابراهیم رئیسی، نامزد اصولگرایان و رقیب اصلی حسن روحانی در انتخابات ریاست جمهوری و حامیان او بحث تخلف انتخاباتی را مطرح کردند و حتی آقای رئیسی مدعی «مهندسی آرا» در جریان رأی‌گیری در روند انتخابات دوازدهم ریاست جمهوری شد. او حسن روحانی را متهم کرد که از امکانات دولتی برای تبلیغات انتخاباتی استفاده کرده و خواستار بررسی و دخالت شورای نگهبان در این‌باره شد. حسن روحانی نیز برخی نهادهای حاکمیت از جمله سپاه پاسداران، آستان قدس رضوی، صداوسیما و قوه قضائیه را به دخالت در انتخابات به نفع آقای رئیسی متهم کرده بود.
دوازدهمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری ایران روز ۲۹ اردیبهشت برگزار شد و حسن روحانی توانست با کسب ۲۳ میلیون و ۵۰۰ هزار رای برای بار دوم در این رقابت‌ها پیروز شود. ابراهیم رئیسی با کسب ۱۵ میلیون و ۸۰۰ هزار، نفر دوم انتخابات شد.