حمید بقایی،‌ معاون اجرایی محمود احمدی‌نژاد در دولت دهم، در نامه‌ای خطاب به قاضی حیدری، ریاست دادگاه ۱۰۵۷کارکنان دولت، درخواست کرده تا «در مورد شاکی پرونده خود شفاف سازی شود.»

وی در عین حال دولت حسن روحانی را شاکی پرونده خود خوانده و درخواست محاکمه دادستان تهران، سازمان اطلاعات سپاه و بازجویانش را کرده است.

به گزارش وب سایت خبری دولت بهار، بقایی در این نامه با انتقاد از بازداشت خود توسط سازمان اطلاعات سپاه نوشته است:«چرا بازداشت توسط سازمان اطلاعات سپاه که در آن موقع ضابط قضایی نبوده و در قانون جدید آیین دادرسی ضابط قلمداد شده،انجام پذیرفته است؟و اگر حتی بر خلاف اسناد پرونده ادعا شود که دستگیری توسط سپاه انجام شده و بعد در اختیار اطلاعات سپاه قرار گرفته باشم. در این صورت باید گفت که سپاه ضابط خاص است و در محدوده وظایف و ماموریت‌های قانونی خود ضابط است.»

وی در  ادامه خاطرنشان کرده: «کجای موضوع پاداش مجموعاً۳۰۰  میلیون تومان به شانزده نفر از اعضای دولت دهم با ماموریت سپاه پاسداران انقلاب اسلامی انطباق داشته است؟!»

بقایی «نحوه رسیدگی به پرونده خود را یک تصمیم قبلی سیاسی و خصمانه برای محکوم کردن دولت محمود احمدی‌نژاد» ذکر کرده و گفته است: «که در تاریخ ۱۵/۳/۹۴ پرونده‌ای در دادستانی تهران علیه وی تشکیل شد و در فاصله خیلی کوتاه یعنی ۳ ماه بعد، توسط عوامل اطلاعات سپاه (که در آن زمان ضابط قضایی نبود) دستگیر شدم و با اعلام اتهام اختلاس درباره پاداش پایان خدمت مجموعاً ۳۰۰ میلیون تومانی به ۱۶ نفر از اعضاء دولت که با دستور رییس جمهور وقت، طبق قانون و توسط ذیحساب انجام شده بود راهی بازداشت موقت یک ماهه در زندان انفرادی شدم. »

وی در نامه خود متذکر شده است: «بازجویان وزارت اطلاعات در مدت بازداشت از وی خواسته‌اند که به «جاسوسی برای اسرائیل و انگلیس و ارتباط با جن و پری» و «جرائم امنیتی و اخلاقی» اعتراف کند.

بقایی در ضمن متذکر شده که بازجویان وزارت اطلاعات از وی خواسته‌اند« که وی اعتراف کند،محمود احمدی‌نژاد نیز جاسوس بوده است.»

حمید بقایی روز یکشنبه ۱۸ تیر ۱۳۹۶ با حکم بازپرس پرونده سابق خود از مقابل خانه‌اش بازداشت و پس از تعیین وثیقه ۵۰ میلیارد تومانی در دادسرا و تهیه نشدن آن زندانی شد. در ۲۵ تیر ۱۳۹۶ اتهامات حمید بقایی «تصرف غیرمجاز، اختلاس و تبانی در معاملات دولتی» اعلام شد.

وی پس از ۱۸ روز بازداشت با تأمین ۲۰ میلیارد تومان وثیقه  آزاد شد.

بقایی به همراه محمود احمدی‌نژاد برای انتخابات دور دوازدهم ریاست جمهوری  سال ۹۶ نامزد شده بودند، اما از سوی  شورای نگهبان صلاحیت هر دوی آنها رد شد.