هفت ماه پس از درگذشت اکبر هاشمی‌رفسنجانی، آیت‌الله خامنه‌‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، روز دوشنبه ۲۳ مرداد، طی حکمی محمود هاشمی شاهرودی، رئیس سابق قوه قضاییه را برای یک دوره پنج ساله به‌عنوان رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام منصوب کرد.

رهبر جمهوری اسلامی علاوه بر انتصاب رئیس این نهاد، دیگر اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام را نیز منصوب کرد. بر اساس این حکم محسن رضایی، دبیر مجمع تشخیص مصلحت‌نظام در سمت خود ابقا شد و محمدباقر قالیباف، شهردار تهران، ابراهیم رئیسی، کاندید انتخابات ریاست جمهوری ۹۶ و احمد توکلی، نماینده سابق مجلس شورای اسلامی نیز به اعضای مجمع تشخیص نظام اضافه شدند.
علاوه بر هاشمی رفسنجانی، برخی دیگر از اعضای مجمع، مانند عباس طبسی و حبیب‌الله عسگراولادی نیز پارسال درگذشتند که افراد جدیدی جانشین آنها نشده بود. اکبر هاشمی رفسنجانی از ابتدای تأسیس این نهاد تا زمان مرگ ریاست مجمع را برعهده داشت.

پس از درگذشت اکبر هاشمی‌رفسنجانی، محمدعلی موحدی‌کرمانی به‌صورت موقت ریاست مجمع تشخیص مصلحت را به عهده گرفت. این درحالی بود که گمانه‌هایی مبنی بر احتمال ریاست علی‌اکبر ناطق‌نوری بر مجمع مطرح شده بود. ناطق‌نوری که از نزدیکان آیت‌الله خامنه‌ای محسوب می‌شد پس از شکست از محمدخاتمی در هفتمین دوره انتخابات ریاست جمهوری در سال ۷۶ از اصولگرایان فاصله گرفت و منتقد جدی تندروهای این جناح شد. او پس از آن به هاشمی‌رفسنجانی و حسن روحانی نزدیک شد؛ با این حال او کرسی خود را در مجمع تشخیص مصلحت نظام حفظ کرد. بنا به حکم جدید آیت‌الله خامنه‌ای هم موحدی کرمانی و هم ناطق نوری در جایگاه خود ابقا شدند.

محمود هاشمی‌شاهرودی متولد عراق و از اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و فقهای شورای نگهبان است. او در سال ۱۳۹۰ با حکم آیت‌الله خامنه‌ای به ریاست هیأت حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه‌گانه منصوب شد. هاشمی شاهرودی مرجع تقلید است و ریاست مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق را نیز برعهده دارد.

از عمده‌ترین وظایف مجمع تشخیص مصلحت نظام به‌عنوان یکی از مهمترین نهادهای نظام جمهوری اسلامی، حل اختلاف میان مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان است. تعداد اعضای این مجمع ۴۴ عضو ثابت و یک نفر مهمان متناسب با موضوع جلسه، ازجمله رئیس دستگاهی که موضوع مورد بحث، به آن دستگاه مربوط است یا رئیس کمیسیون متناسب با موضوع بحث از مجلس شورای اسلامی.

اعضای ثابت هر ۵ سال یکبار و از طریق حکم رهبرجمهوری اسلامی انتخاب می‌شوند. رؤسای سه قوه، فقهای شورای نگهبان، رئیس ستاد کل نیروهای مسلح و دبیر شورای عالی امنیت ملی از جمله اعضای ثابت مجمع هستند.

در سال ۱۳۶۸ بعد از بازنگری قانون اساسی، مجمع تشخیص مصلحت نظام با وظایف زیر به‌عنوان یک نهاد وارد ساختار نظام جمهوری اسلامی شد.

- تشخیص مصلحت درصورت اختلاف‌نظر میان مجلس و شورای نگهبان

- مشاوره به رهبری در اموری که رهبر به مجمع ارجاع می‌دهد یا مشاوره درموارد اصلاح قانون اساسی

- تهیه و پیشنهاد پیش‌نویس سیاست‌های کلی نظام

-حل معضلات نظام با ارجاع از سوی رهبری
-اعلام نظر در مورد استفساریه‌های مربوط به مجمع تشخیص مصلحت نظام
- تشکیل شورای موقت رهبری در‌صورت فوت یا استعفای رهبر

-تصویب مصوبات شورای رهبری ایران در صورت عزل، استعفا و یا فوت رهبر وقت
-مشارکت در شورای بازنگری قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، بر اساس اصل ۱۷۷ قانون اساسی.

علاوه بر این وظایف، آیت‌الله خامنه‌ای در سال ۱۳۷۹، نظارت بر حسن اجرای سیاست‌های کلی نظام را به دیگر وظایف مجمع تشخیص مصلحت نظام اضافه کرد.

در حکم انتصاب‌های جدید در مجمع تشخیص مصلحت نظام، آیت‌الله علی خامنه‌ای، تغییراتی نیز در  اهداف مجمع تشخیص مصلحت نظام ضروری دانسته است. از جمله:
- سامان بخشیدن به مجموعه‌ سیاست‌های کلی و بازنگری در عناوین و نیز در فرآیند تعیین و تنظیم آن.
- سامان بخشیدن به مسأله‌ی نظارت بر اجرای سیاست‌ها.
- سازوکار لازم برای ارزیابی کارآمدی و اثربخشی سیاست‌ها.
- ایجاد انسجام کامل در ساختار تشکیلاتی و مدیریتی و تمرکز برنامه‌ها بر اساس آئین‌نامه‌ی مصوب.
- چابک‌سازی تشکیلات و حذف بخش‌های موازی و غیر ضرور.
علاوه بر انتصاب‌ رئیس و دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام، آیت‌الله خامنه‌ای افراد دیگری را نیز به عضویت این نهاد منصوب کرد:
 احمد جنتی، امینی نجف‌آبادی، موحدی کرمانی، ناطق نوری، حسن صانعی، محسنی اژه‌ای، مجتهد شبستری، ابراهیم رئیسی، درّی نجف‌آبادی، محمّدی‌عراقی، مجید انصاری، مصباحی‌مقدم. غلامرضا آقازاده، علی آقامحمّدی، محمود احمدی‌نژاد، محمّدجواد ایروانی، محمّدرضا باهنر، احمد توکّلی، سعید جلیلی، غلامعلی حدّادعادل، داود دانش‌جعفری، پرویز داودی،  سیّدمحمد صدر، محمّدحسین صفارهرندی، محمّدرضا عارف، محمّد فروزنده، سیّدحسن فیروزآبادی، محمّدباقر قالیباف، حسین محمّدی، حسین مظفّر، سیّدمصطفی میرسلیم، سیّدمحمّد میرمحمّدی، سیّدمرتضی نبوی، علی‌اکبر ولایتی، صادق واعظ‌زاده، احمد وحیدی.

هاشمی شاهرودی طی نامه‌ای به آیت‌الله خامنه‌ای به‌دلیل سپردن مسئولیت ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام به وی، از او تشکر کرد.