محسن پیرهادی، ‌نماینده تهران و عضو هیات رییسه مجلس در نامه‌ای به علی شمخانی خواستار انتشار «بخش غیرمحرمانه» گزارش دبیرخانه شورای‌عالی امنیت ملی درباره اعتراضات آبان ۹۸ و از جمله «روند رسیدگی و اقدامات این شورا به آسیب‌دیدگان و خانواده‌های کشته‌شدگان» به منظور نشان دادن «اقدامات سازنده اجتماعی و سیاسی» شد.

سخنان پیرهادی یک روز پس از بیان شد که علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی، در مصاحبه با خبرگزاری ایسنا، گفت که «در وقایع سال ۹۸ در کنار برخی ناهماهنگی‌های اجرایی و سوء مدیریت ها، باز هم ضعف در نحوه ارتباط با جامعه و اقناع مخاطبان خودش را نشان داد و این بار موجب شکل گیری بحران امنیتی برای کشور شد».

شمخانی به طور ضمنی بخشی از مقام‌های دولتی را درباره شکل‌گیری اعتراضات آبان مقصر دانست و افزود که «به طور قطع باید در زمینه قیمت حامل‌های انرژی اقدام می شد ولی انتقادات جدی به نحوه اعلام، اجرا و مدیریت کاهش هزینه‌های اجرای طرح وجود دارد که موجب وارد شدن خسارت‌های قابل پیشگیری به کشور شدم.»

محسن پیرهادی، نماینده مجلس پس از سخنان شمخانی به شماره روز سه‌شنبه روزنامه همشهری گفت: «ضروری است که دبیرخانه شورای‌عالی امنیت ملی آن بخش از گزارش حوادث آبان۹۸ را که قابلیت انتشار برای عموم را دارد، منتشر کند.»

این نماینده مجلس با اشاره به آنچه پیشنهاد علی شمخانی به علی خامنه‌ای «درباره نحوه مدیریت وضعیت جان‌باختگان و مصدومان» اعتراضات آبان ۹۸ عنوان کرد، به طور ضمنی شماری از معترضان کشته شده را متهم کرد که «مسلح» بوده‌اند. او گفت که که «دلجویی از خانواده جان‌باختگان، پرداخت دیه به خانواده همه جان‌باختگان اعتراض‌ها، و اتخاذ تدابیر لازم درباره کشته‌شدگان مسلح» ازجمله پیشنهادهای دبیر شورای‌عالی امنیت ملی به خامنه‌ای بوده است.

پیرهادی افزود که در همین راستا، من «در قالب نامه‌ای به دبیرخانه شورای‌عالی امنیت ملی انتشار گزارش دلجویی از خانواده جان‌باختگان حوادث آبان‌ماه۹۸ را پیگیری خواهم کرد» تا با انتشار «بخش غیرمحرمانه آن برای عموم همگان در جریان این اقدامات مؤثر و سازنده اجتماعی و سیاسی قرار گیرند».

خبرگزاری رویترز دوم دی ماه سال ۹۸ در گزارشی به نقل از سه مقام رسمی در وزارت کشور ایران تعداد کشته‌شدگان دو هفته اعتراضات سراسری در ایران را بیش از هزار و ۵۰۰ نفر اعلام کرد.

سازمان عفو بین‌الملل نیز با انتشار جزییات کشته‌شدن دست‌کم ۳۰۴ مرد، زن و کودک در اعتراضات آبان و به دست نیروهای امنیتی ایران و با تاکید بر مفقود شدن بسیاری از معترضان، اعلام کرد که نیروهای امنیتی جمهوری اسلامی در اعتراضات آبان «سیاست شلیک به قصد کشتن» را علیه معترضان به کار گرفتند.

مقام‌های جمهوری اسلامی با گذشت بیش از ۱۸ ماه از اعتراضات آبان۹۸ تاکنون حاضر به انتشار گزارشی رسمی از شمار کشته‌شدگان و بازداشت شدگان این اعتراضات نشده‌اند.

با این حال هفت ماه پس از اعتراضات آبان۹۸،  عبدالرضا رحمانی فضلی، وزیر کشور، شامگاه شنبه دهم خرداد ماه۹۹ طی سخنانی در یک برنامه تلویزیونی به طور ضمنی کشته‌شدن ۲۲۵ نفر را در اعتراضات آبان ماه تایید کرد. او گفت که «آنها[دشمنان]تعداد کشته‌شدگان را از ده هزارنفر تا دو هزار نفر هم اعلام کردند اما ما بررسی‌هایی که کردیم حدود ۴۰ تا ۴۵ نفر، شامل ۲۰ درصد کشته‌شدگان، شهید منظور شدند چون اصلا بی‌گناه رفته بودند.»

وزیر کشور حسن روحانی در همان مصاحبه تلویزیونی همچنان از قطع اینترنت در جریان اعتراضات آبان۹۸ دفاع کرد و گفت که «یکی از ناراحتی‌های این‌ها این است که من، رحمانی‌فضلی، اینترنت را قطع می‌کند، بله معلوم است که قطع می‌کنم.» او گفت که «وقتی از طریق اینترنت آموزش می‌دهند، از طریق اینترنت فرماندهی میدان می‌کنند، هر آدمی که مسئول حفظ امنیت را دارد، اینترنت را قطع می‌کند.»

همچنین علی مطهری نماینده و نایب رییس وقت مجلس شورای اسلامی با گذشت یک سال از اعتراضات آبان ۹۸ شمار کشته‌شدگان را ۲۳۰ نفر اعلام کرد.

دادستانی دادگاه بین‌المللی مردمی آبان به استناد مدارک و اطلاعات از خانواده‌های کشته‌شدگان، بازداشت شدگان و مطلعان اعتراضات آبان۹۸ اعلام کرد که ۳۹ نفر از مقام‌های جمهوری اسلامی از جمله علی خامنه‌ای، حسن روحانی، ابراهیم رییسی، رحمانی فضلی، محمود علوی و علی شمخانی را در ارتباط با کشتار معترضان آبان۹۸ به «جنایت علیه بشریت» متهم شده‌اند.

در جریان اعتراضات آبان۹۸ همچنین هزاران نفر از معترضان بازداشت شدند که حسین نقوی حسینی، سخنگوی وقت کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس شورای اسلامی، شمار بازداشت‌شدگان را بیش از۷  هزار نفر اعلام کرد.

تعدادی از بازداشت شدگان این اعتراضات در تهران، شیراز، اصفهان به اعدام محکوم شئه‌اند و شمار بسیاری از بازداشت شدگان در شهرهای مختلف از جمله در زندان بزرگ تهران در شرایط بسیار بد همچنان در بازداشت بوده و احکام سنگینی برای آنها صادر شده است.