ابراهیم رئیسی، تولیت آستان قدس رضوی و دادستان ویژه روحانیت، در پاسخ به پرسشی درباره نقشش در اعدام زندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ در ایران، گفت که «در این زمینه مسئولیتی ندارد».

او در سخنرانی به مناسبت روز دانشجو گفت که هیچ یک از سه سمت تصریح‌شده در حکم آیت‌الله خمینی در آن زمان را برعهده نداشته است.

در حکم آن زمان آیت‌الله خمینی برای اعدام‌های سال ۶۷ آمده است: «...تشخیص موضوع نیز در تهران با رای اکثریت آقایان حجت‌الاسلام نیری دامت افاضاته (قاضی شرع) و جناب آقای اشراقی (دادستان تهران) و نماینده‌ای از وزارت اطلاعات می‌باشد، اگر چه احتیاط در اجماع است...»

رئیسی در زمان وقوع اعدام‌های سال ۶۷، معاون دادستان تهران بود، اما معمولا در گزارش‌های مختلف از حسینعلی نیری، مصطفی پورمحمدی، ابراهیم رییسی و مرتضی اشراقی به‌عنوان اعضای «هیات مرگ» یاد می‌شود.

ماموریت این هیات تشخیص این بود که کدام یک از زندانیان چپ یا عضو و هوادار مجاهدین خلق همچنان سر موضع‌اند. افرادی که بر اساس تشخیص این هیات سر موضع بودند، اعدام می‌شدند.

روز ۲۴ مرداد ۱۳۶۷ آیت‌الله منتظری، قائم‌مقام وقت رهبری، اعضای هیأت مرگ در تهران  را به قم فراخواند و بعد از نصیحت آنان به احتیاط از آنها خواست که به اعدام‌ها پایان دهند.

آیت‌الله منتظری در این دیدار که فایل‌ صوتی‌اش سال ۱۳۹۶ برای نخستین‌بار منتشر کرد خطاب به اعضای این هیات تاکید کرد که این اعدام‌ها «بزرگترین جنایتی است که در جمهوری اسلامی انجام شده؛ تاریخ ما را محکوم می‌کند و نام [عاملان] را در آینده جزو جنایتکاران در تاریخ می‌نویسند.»

درباره تعداد اعدام‌شدگان در سال ۶۷ روایت‌های متفاوتی وجود دارد.

طبق آماری که کمیته دفاع از حقوق‌بشر در ایران منتشر کرده است «حداقل نام چهارهزار و ششصد و هفتاد و دو تن از اعدامیان سال ۱۳۶۷، معلوم شده است».

رضا معینی، یکی از محققان در زمینه آن اعدام‌ها، تاکید کرده است که «دست‌کم پنج‌هزار نفر» قربانی این کشتار بوده‌اند.

البته برخی فعالان سیاسی از آمارهای بیشتر از این نیز خبر داده‌اند.

در گزارشی که به تازگی از سوی سازمان عفو بین‌الملل درباره کشتارهای سال ۱۳۶۷ منتشر شده، آمده است افرادی که عضو هیات مرگ بوده‌اند، بعدها در جمهوری اسلامی منصب‌های بزرگ و کلیدی به‌عهده گرفته‌اند.