بنابر سند منتشر شده از آرشیو عفو بین‌الملل، این سازمان در ۲۵ مرداد ۱۳۶۷ در نامه‌ای به وزیر دادگستری دولت موسوی و سفرای جمهوری اسلامی در کشورهای مختلف، خواهان اقدام فوری برای پایان دادن به «موج جدید اعدام‌های سیاسی در ایران» شده بود که نشان می‌دهد علاوه بر وزیر اطلاعات به عنوان یکی از مجریان این اعدام‌ها، وزرای دادگستری و امور خارجه دولت میرحسین موسوی، نخست وزیر وقت و به تبع خود او پیشتر یا دست‌کم از این تاریخ از اعدام‌های گروهی زندانیان سیاسی مطلع بوده‌اند.

رها بحرینی، پژوهشگر سازمان عفوبین‌الملل، ضمن انتشار این سند نوشت که یافتن و انتشار آن از میان اسناد این سازمان «کشف تکان‌دهنده‌‌‌ای بود و نشان می‌داد که مقامات دولتی و قضایی و همین‌طور سفرای جمهوری اسلامی ایران دست‌کم از ‌۲۵ مرداد ۶۷  در جریان اعدام‌ها قرار گرفته‌اند اما سیاست وزارت خارجه دولت موسوی انکار بود و امروز در اوج بی‌اخلاقی می‌گویند نمی‌دانستند.»

اشاره پژوهشگر عفو بین‌الملل به سخنان میرحسین موسوی است که از بهمن‌ماه سال ۱۳۸۹ تاکنون نزدیک به ۱۰ سال است به همراه همسرش زهرا رهنورد و در پیامد اعتراضات پس از انتخابات سال ۸۸ در حصر است، اما در خرداد سال ۱۳۸۹ درباره اعدام‌های تابستان سال۶۷ گفته بود: در این اعدام‌ها «به هیچ وجه نه نقشی داشتم، نه اطلاعی.»

در این سند، سازمان عفو بین‌الملل در ۲۵ مرداد ۱۳۶۷ در نامه‌ای به عبدالکریم موسوی اردبیلی، رییس وقت قوه قضاییه جمهوری اسلامی و حسن حبیبی وزیر دادگستری دولت میرحسین موسوی، ضمن ارائه گزارشی از «موج جدید اعدام‌های سیاسی»، از آنها خواسته به اعدام‌ها پایان دهند.

 این سند یکی از نامه‌های ارسالی سازمان عفو بین‌الملل هم‌ز‌مان با موج اعدام‌های تابستان۶۷ به مقام‌های جمهوری اسلامی ایران از جمله مقام‌های دولت میرحسین موسوی است. این سازمان از اوت تا دسامبر ۱۹۸۸ (مرداد تا آذر ۱۳۶۷) در مجموع شانزده نامه «اقدام فوری» درباره اعدام‌های تابستان ۶۷ را به مقام‌های جمهوری اسلامی ایران ارسال کرد ولی دولت ایران به هیچ یک از نامه‌ها پاسخ نداد.

ارسال این نامه سازمان عفو بین‌الملل به حسن حبیبی، وزیر دادگستری دولت میرحسین موسوی، و ارسال «رونوشت» آن به «نمایندگان دیپلماتیک ایران» نشان می‌دهد دست‌کم وزارت دادگستری و وزارت امور خارجه دولت میرحسین موسوی و به تبع خود او پیش از تاریخ این نامه یا دست‌کم از زمان ارسال این نامه از «موج اعدام‌های سیاسی» در زندان‌های ایران اطلاع داشتند. اعدام‌هایی که در آن هزاران نفر از زندانیان سیاسی که پیشتر از سوی دستگاه قضایی جمهوری اسلامی به حبس محکوم شده و در حال سپری کردن دوره محکومیت خود بودند با تشخیص هیات منصوب روح‌الله خمینی، که به «هیات مرگ» شهرت دارد، اعدام شدند.

در نامه ۲۵ مرداد ۱۳۶۷ عفو بین‌الملل، خطاب به موسوی اردبیلی، رییس شورای عالی قضایی و رییس وقت قوه قضاییه و حسن حبیبی وزیر دادگستری دولت میرحسین موسوی، تاکید کرده است که «سازمان عفو بین‌الملل از شواهدی که نشانگر موج جدیدی از اعدام‌های سیاسی در ایران است، ابراز نگرانی می‌کند.»

عفو بین‌الملل در این نامه گزارشی از اعدام‌های گروهی در فاصله ۱۹ تیر تا ۱۲ مرداد در تهران، کرمانشاه و ایلام ارائه کرده و نوشته که «در هفته‌های اخیر، رسانه‌های رسمی ایران از اعدام مخالفان دولت خبر می‌دهند» و همچنین «گزارش‌ها از ادامه تایید احکام اعدام اعضای گروه‌های مخالف از سوی شورای عالی قضایی حکایت دارد.»

در این نامه همچنین به اعدام چهار فعال سیاسی چپ اشاره شده و آمده : «در مورد تیرباران کیومرث زرشناس، سیمین فردین و سعید آزرنگ، سه نفر از اعضای ارشد حزب توده، و نیز فرامرز صوفی، از اعضای سازمان فداییان خلق، در ۲۹ تیر در زندان اوین گزارش‌هایی دریافت کرده است.» در این سند، آمده است که «احکام اعدام ۵۵ زندانی سیاسی دیگر نیز به تایید رسیده و در انتظار اجراست.»

سازمان عفو بین‌الملل در نامه ۲۵ مرداد ۶۷ خود خطاب به مقام‌های وقت قوه قضاییه و وزیر دادگستری دولت میرحسین موسوی بر «نبود روند دادرسی عادلانه در پرونده‌های سیاسی» و «نبود هرگونه رویه‌ای برای تقاضای تجدیدنظر» زندانیان محکوم به اعدام تاکید کرده بود.

این سازمان در نامه «اقدام فوری» خود نوشته بود: «طبق موازین اعلامیه جهانی حقوق بشر، سازمان عفو بین‌الملل با مجازات اعدام در همه موارد مخالف است و آن را ناقض حق زندگی و حق عدم قرارگرفتن در معرض رفتار بی‌رحمانه، غیر انسانی و تنبیه می‌داند» و «در ارتباط با ایران، این سازمان مشخصا از نبود روند دادرسی عادلانه در پرونده‌های سیاسی و نبود هرگونه رویه‌ای برای زندانیان محکوم به اعدام جهت تقاضای تجدید نظر در حکمشان نگران است.»

این درحالی است که میرحسین موسوی گفته است: با این‌که یکی از اعضای هیات سه نفره، هیات مرگ، منصوب نماینده وزارت اطلاعات بود و «قاعدتا وزیر اطلاعات می‌بایست من و دولت را در جریان می‌گذاشت، محمد محمدی ری‌شهری [وزیر وقت اطلاعات] حتی کلمه‌ای را هم راجع به این موضوع نگفت، نه در هیات دولت، نه به طور خصوصی به شخص بنده و ما در بی‌اطلاعی محض بودیم.»

بنا بر سند منتشر شده از سازمان عفو بین‌الملل، علاوه بر محمدمحمدی ری‌شهری، وزیر اطلاعات، دست‌کم دو وزیر دیگر دولت موسوی یعنی حسن حبیبی، وزیر دادگستری و علی‌اکبر ولایتی وزیر امور خارجه، نیز از اعدام‌ها مطلع بودند.

میرحسین موسوی، نخست‌وزیر وقت، ۲۲ سال بعد از این اعدام‌ها گفت که «ما پس از اطلاع تلاش‌های زیادی کردیم که مانع شویم و در مورد خیلی‌های دیگر هم پی‌گیر بودیم که البته متاسفانه کار از کار گذشته بود. آن‌ها [هیات سه نفره] حکم امام را دست‌آویز قرار دادند و به‌جای مجازات مجرمان واقعی دست به یک تسویه‌حساب گسترده زدند که بسیاری از آنها مشمول حکم امام نمی‌شدند.»

اسناد و شواهد موجود از زمان وقوع اعدام‌های گروهی هزاران زندانی سیاسی در تابستان سال۶۷ نشان می‌دهد از میان مقامات ارشد حکومتی فقط حسینعلی منتظری، قائم‌مقام وقت رهبر جمهوری اسلامی، با ارسال نامه به روح‌الله خمینی با اعدام‌ها مخالفت کرد و در سخنانی در جمع هیات مرگ شامل حسینعلی نیری، مرتضی اشراقی، ابراهیم رییسی و مصطفی پورمحمدی به صراحت این اعدام‌ها را «جنایت» خواند و خواهان پایان دادن به آن شد.

موسوی علاوه بر ابراز بی‌اطلاعی، تاکید داشت که کسانی در آن مقطع حکم هیات سه نفره را از روح‌الله خمینی «می‌گیرند»، این دسته از مقام‌های جمهوری اسلامی را عامل اصلی اعدام‌ها معرفی کرد.

این درحالی است که روح‌الله خمینی در فرمان تشکیل این هیات به صراحت گفته بود: «کسانی که در زندان‌های سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند محارب و محکوم به اعدام می‌باشند و تشخیص موضوع نیز در تهران با رای اکثریت آقایان حجت‌الاسلام نیری و جناب آقای[مرتضی] اشراقی و نماینده‌ای از وزارت اطلاعات[مصطفی پورمحمدی] می‌باشد اگر چه احتیاط در اجماع است و همین‌طور در زندان‌های مراکز استان کشور رای اکثریت آقایان قاضی شرع، دادستان انقلاب  یا دادیار و نماینده وزارت اطلاعات لازم‌الاتباع می‌باشد.»

موسوی همچنین در سخنان خرداد ۸۹ خود و همچنین یک مصاحبه تلویزیونی با تلویزیون اتریش در همان سال، چون دیگر مقام‌های جمهوری اسلامی نیز عملیات مجاهدین خلق به نام «فروغ جاویدان» یا به گفته مقام‌های حکومتی «مرصاد» را زمینه‌ساز این اعدام‌ها عنوان کرده بود.

با وجود انجام چند عملیات از سوی سازمان مجاهدین خلق در ماه‌های منتهی به پذیرش قطعنامه ۵۹۸ و آتش‌بس از سوی جمهوری اسلامی از جمله عملیاتی به نام «چلچراغ» در ۲۸ و ۲۹ خرداد ۶۷ ، اما عملیات مورد اشاره موسوی که مجاهدین خلق آن را «عملیات فروغ جاویدان» و مقام‌های جمهوری اسلامی «مرصاد» می‌خوانند در فاصله ۴ تا ۸ مرداد ۶۷ انجام شد.

این درحالی است که سازمان عفو‌بین‌الملل در نامه ۲۵ مرداد ۶۷ خود به مقام‌های قوه قضاییه و دولت وقت ایران، آغاز موج اعدام‌ها را پیش از این تاریخ اعلام کرده و از آنها خواسته بود اعدام‌های گروهی را متوقف کنند.

موسوی البته پس از اعتراضات سال ۸۸ تایید کرد: «بسیاری از کسانی که اعدام شدند، مجرم نبودند و اگر همکاری کرده بودند پیش از این حکمشان صادر شده بود و در حال طی کردن محکومیت بودند.»

او همچنین اعدام‌های تابستان سال ۶۷ را «زشت و جنایتکارانه» خواند و گفت که «تعداد زیادی از افرادی که کشته شدند آدم‌های خوبی بودند، تازه آنهایی هم که حقشان بود باید محاکمه می‌شدند و روند قضایی درباره آنها رعایت می‌شد.»

با این همه موسوی حتی ۲۲ سال پس از این اعدام‌ها در خرداد سال ۸۹ گفت که بازکردن موضوع اعدام‌های ۶۷ «تالی فاسد دارد و من همیشه سعی کرده‌ام از کنارش رد شوم.»