سعید خطیب‌زاده، سخنگوی وزارت  امور خارجه ایران گفته‌های وزیر خارجه آمریکا درباره حمایت جمهوری اسلامی از القاعده را «سناریوهای هالیوودی» و «تکرار اتهامات، سندسازی‌های دروغین و نشانه استیصال» خواند.

خطیب‌زاده همچنین در واکنش به توییت‌های مایک پمپئو درباره کاهش بودجه ایران در بخش نظامی و وضعیت حقوق بشر در ایران گفت که «عصبانی باش و از این عصبانیت بمیر!».

خطیب‌زاده درباره اتهام حمایت از القاعده گفت مایک پمپئو در زمان ریاست بر سازمان سیا نیز «در قبال دلار‌های نفتی، به دنبال برقراری ارتباط ساختگی میان ایران و القاعده بر آمده بود».

سال ۹۶ سازمان اطلاعات مرکزی آمریکا، سیا ،‌ اسناد ارتباط ایران و سازمان القاعده که از مقر اسامه بن لادن، رهبر القاعده، به دست آمده بود را منتشر کرد. جمهوری اسلامی در سال‌های گذشته نیز ارتباط با القاعده را رد کرده است.

اتهام حمایت جمهوری اسلامی از القاعده دو ماه پس از گزارش‌ها درباره ترور عبدالله احمد عبدالله، مرد شماره دو القاعده در تهران مطرح شده است.

پمپئو  روز سه‌شنبه ۲۳ دی‌ماه در یک سخنرانی بر پایه اسناد تازه از طبقه‌بندی خارج شده امنیتی آمریکا اشاره کرد که ایران «پایگاه جدید» گروه تروریستی القاعده شده است که نیروهای این گروه را به کشورهای دیگر از جمله یمن و سوریه می‌فرستد.

او گفت: «همه چیز در سال ۲۰۱۵ تغییر کرد و در آن سال ایران اجازه داد القاعده یک شبکه عملیاتی دیگر تشکیل دهد و اجازه داد در ایران بمانند.»

پمپئو ایران را متهم کرد که پایگاهی برای فرماندهی جدید این گروه مهیا کرده است. وزیر خارجه آمریکا گفت وزارت اطلاعات و سپاه پاسداران جمهوری اسلامی حمایت لجستیکی از القاعده فراهم می‌کنند.

 پمپئو همچنین در چند توییت با اشاره به موارد مختلف نقض حقوق بشر از سوی جمهوری اسلامی، بر حمایت ایالات متحده از مردم ایران تاکید کرد.