نامه چند روز پیش محمد یزدی، رییس شورای‌عالی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، به موسی شبیری زنجانی، از مراجع تقلید ساکن قم، هم‌چنان از بحث‌های مطرح در فضای رسانه‌ای و سیاسی ایران است. درحالی‌که اصلاح‌طلبان و چهره‌های نزدیک به آن‌ها به انتقاد از نحوه رفتار یزدی با یک مرجع تقلید پرداخته و بر «استقلال مراجع تقلید» تاکید می‌کنند، تکیه اصول‌گرایان و حامیان محمد یزدی بر سابقه اصلاح‌طلبان در رابطه با نیروهای مذهبی و لزوم حمایت از «جمهوری اسلامی» است.

حسن خمینی، نوه بنیان‌گذار جمهوری اسلامی، در نامه‌ای به شبیری زنجانی نوشت که «حوادث تلخ» روزهای اخیر باعث «جریحه‌دار» شدن شاگردان شبیری زنجانی و «متدینین» شده است و از «اسائه ادب» نسبت‌به او ابراز تاسف کرد.

خمینی در نامه خود به «استدلال ناتمام» در نامه محمد یزدی اشاره کرده و نوشته که گرچه حفظ جمهوری اسلامی «اوجب واجبات» است، اما این کار «تنها با استقلال حوزه و مرجعیت از دولت‌ها میسر است».

نامه محمد یزدی به موسی شبیری زنجانی، پس از آن منتشر شد که تصاویری از دیدار شبیری زنجانی با محمد موسوی خوئینی، غلامحسین کرباسچی، محمد خاتمی، عبدالله نوری، عبدالمجید معادیخواه و تعدادی دیگر منتشر شد؛ دیداری که براساس گزارش‌ها در منزل عبدالله نوری برگزار شد.

رییس اسبق قوه‌قضاییه در نامه خود به انتقاد از دیدار این مرجع تقلید با «برخی افراد مساله‌دار که برای نظام جمهوری اسلامی و مقام معظم رهبری احترامی قائل نیستند»، پرداخته و نوشته بود: «مقام و احترام شما در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم، رهبری و شان مرجعیت است، پس لازم است این احترام و شئون مرجعیت را رعایت فرموده و ترتیبی اتخاذ فرمایید این‌گونه مسائل دیگر تکرار نگردد.»

پیش از این، دفتر موسی شبیری زنجانی اعلام کرد که او یا دفترش «نظری درخصوص این نامه» ندارند و «طلاب و شاگردان ایشان، پاسخ می‌دهند».

هم‌زمان عبدالله نوری در نامه‌ای خطاب‌به محمد یزدی، ضمن انتقاد از نامه او، نوشت: «فراموش نکنید همراهی و همدلی مرجعیت مستقل شیعه بخشی از اعتبار و شأن حاکمیت است، نه عکس آن.»

نوری در نامه خود با اشاره به مشکلاتی که در کشور وجود دارد، خطاب‌به یزدی نوشت: «ای‌کاش مسائل و چالش‌های مورد توجه شما حل مشکلات و معضلات اساسی، گسترده و پیچیده فرهنگی، اعتقادی، معیشتی، اجتماعی و اقتصادی ‏مردم بود.»

پیش از این محمد عندلیب همدانی، از اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، در نامه‌ای سرگشاده به محمد یزدی نوشت که تفسیرش از «استقلال حوزه و جایگاه رفیع مرجعیت» با دیدگاه یزدی و حامیانش همخوانی ندارد و به‌همین دلیل، «عملا امکان همکاری وجود ندارد و لذا از ادامه عضویت در آن جامعه معذور است».

گرچه شبیری زنجانی کمتر در مسایل سیاسی اظهارنظر می‌کند، اما در سال‌های اخیر، در مواردی چون درخواست آزادی علی شکوری‌راد از زندان و درخواست آزادی احمد منتظری پس از انتشار فایل صوتی ملاقات آیت‌الله منتظری با هیاتی که وظیفه بررسی وضعیت زندانیان در سال ۶۷ را داشت، از جمله این مواردند.

شبیری زنجانی همچنین ازجمله چهره‌هایی است که در زمان حصر حسین‌علی منتظری، به این مساله معترض بود و برای رفع آن تلاش کرد. او نخستین فردی بود که پس از رفع حصر، به ملاقات منتظری رفت. او تابستان سال ۸۸ نیز همراه با موسوی‌اردبیلی به دیدار منتظری رفته بود.

با این حال، واکنش‌ها به این نامه، محدود به چهره‌های نزدیک به اصلاح‌طلبان نبود. اصول‌گرایان نیز به نامه محمد یزدی واکنش نشان داده و به انتقاد از ملاقات شبیری زنجانی با خاتمی پرداختند.

حسن ممدوحی، از اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، به «خبرگزاری رسا» گفت «مکاتبات میان علما و مراجع» مساله‌ای طبیعی و رایج است. به گفته او «برخی رسانه‌ها، جریان‌های سیاسی و مدعی حوزوی» درحالی به انتقاد از این نامه پرداخته‌اند که مقابل توهین «عده‌ای به اهل بیت و حضرت سیدالشهدا و زائران اربعین» سکوت کرده‌اند.

محمد ایمانی، از نویسندگان روزنامه کیهان، در یادداشتی با عنوان «دیروز می‌گفتند تقلید کار میمون است امروز نگران شأن مرجعیت شدند!؟»، دفاع از شبیری زنجانی را ازسوی افرادی که آن‌ها را «مدعیان اصلاحات» خوانده، منافقانه دانسته و بهانه‌ای برای «جاروجنجال درباره مسائل غیرمرتبط و سرگرم‌کردن مردم به سایر امور»، تا به گفته او، «بی‌کفایتی و خیانت‌های خود را پنهان دارند و پاسخ‌گو نباشند».

وب‌سایت رجانیوز، نزدیک به جبهه پایداری، هم در یادداشتی انتقادهای اصلاح‌طلبان از نامه یزدی را «اشک تمساح» توصیف کرد: «آیا حمله به بیت مرجعیت انقلابی قم در فتنه ۸۸، وهن و تخفیف جایگاه مرجعیت تشیع محسوب نمی‌شد که آقایان نگران شوند و مرتبا قلم فرسایی کنند؟ چرا دست به قلمان دیروز و امروز، پس‌از حمله به بیت آیت‌الله العظمی نوری همدانی توسط فتنه‌گران از استقلال نظر مراجع تقلید نمی‌نوشتند.»

هم‌زمان وب‌سایت اصول‌گرای جهان‌نیوز هم در گزارشی مدعی شد که اعتراض‌های اخیر، در واقع تلاشی است برای بازگشت محمد خاتمی به عرصه سیاست در ایران. به عقیده نویسنده این گزارش، «طراحان این پروژه» بر این باورند که «الان وقت هیاهو برای احترام به نظرات برخی مراجع تقلید است که اگر فردا فرد محترمی در حوزه درخواستی- بازگشت امثال خاتمی به چارچوب نظام- را مطرح کرد، با سنگین‌شدن فضا دیگر نشود نظرش را نپذیرفت.»