رسول موسوی مدیر کل غرب آسیا در وزارت خارجه ایران در واکنش به اظهارات سفیر افغانستان در تهران پیرامون پرونده شلیک پلیس به خودروی حامل مهاجران افغان در یزد گفت: «اجازه دهید با کلمات بازی نکنیم. پلیس ایران به قاچاقچیان شلیک می‌کند. چه قاچاقچی مواد مخدر باشد چه قاچاقچی انسان ، اگر به اخطار پلیس توجه نشود.»

او روز شنبه هفدهم خرداد در توییتی خطاب به سفیر افغانستان در تهران نوشت: «حمل ١٣ نفر در یک خودرو چهار نفره ( ٣ نفر در صندوق عقب ) اگر قاچاق نیست چه هست؟»

عبدالغفور لیوال، سفیر افغانستان در تهران پیشتر اعلام کرده بود  هیات سفارت افغانستان که روز جمعه ۱۶ خرداد برای بررسی کشته شدن شماری از مهاجران افغان در استان یزد رفته بود، با مسئولان این استان دیدار و گفت‌وگو کرده‌اند. او تایید کرد که خودروی حامل مهاجران پس از شلیک نیروی انتظامی آتش گرفته است.

سفیر افغانستان در پیامی تصویری گفت که هیات سفارت افغانستان با استاندار یزد دیدار کرده‌اند و براساس گفته‌های مسئولان ایرانی، نیروهای انتظامی جمهوری اسلامی «به خودرو قاچاقبران انسان که متاسفانه شهروندان افغانستان سوار آن بودند، دستور توقف می‌دهد، اما راننده این خودرو توقف نمی‌کند. پس از آن، نیروهای انتظامی به خودرو شلیک می‌کنند و لاستیک خودرو هدف قرار می‌گیرد، اما خودرو درحالی‌که چرخ آن آتش گرفته بود، چند کیلومتر به حرکت ادامه می‌دهد و در نتیجه آتش می‌گیرد».

عبدالغفور لیوال افزود که با مجروحان حادثه هم صحبت کرده‌اند و شاهدان عینی گفته‌اند که «آن‌ها به راننده خودرو گفته‌اند که توقف کند، اما راننده به حرکت ادامه داده است و پس از چند کیلومتر به مانع کنار جاده برخورد کرده و آتش گرفته است.»

این خودرو حامل ۱۳ مهاجر افغان روز ۱۴ جوزا/خرداد، در یزد آتش گرفته است و براساس گفته‌های سفیر افغانستان، در اثر این آتش‌سوزی سه مهاجر افغان جان باخته‌ و شماری هم مجروح شده‌اند.

عبدالغفور لیوال گفت که هیات سفارت با سه تن از شهروندان افغانستان که از این حادثه جان به سلامت برده‌اند و فعلا در اردوگاه به‌سر می‌برند، دیدار کرده و همچنین برای پنج تن دیگر از مجروحان، از سوی سفارت افغانستان در تهران مساعدت صورت گرفته است. او گفت کنسولی افغانستان در زاهدان، جنازه‌های سه مهاجر جان‌باخته را به افغانستان انتقال می‌دهد.

سفیر افغانستان در تهران گفت هر اطلاع تازه‌ای که در این مورد بدست بیاید، با مردم در میان گذاشته می‌شود.

وزارت امور خارجه افغانستان ۱۶ جوزا/ خرداد در بیانیه‌ای اعلام کرده بود که حادثه آتش گرفتن خودرو حامل اتباع این کشور در شهر یزد ایران را پیگیری و بررسی می‌کند و سفیر این کشور در تهران جزئیات مساله، از جمله دلایل شلیک نیروی انتظامی ایران به خودرو و چگونگی تعقیب عدلی (قضایی) عاملان حادثه را بررسی و گزارش آن را به وزارت امور خارجه ارسال خواهد کرد.

در این بیانیه‌ آمده بود «احمد ترحمی بهابادی، معاون سیاسی استان یزد، ضمن تایید گزارش‌ها درباره شلیک ماموران نیروی انتظامی (پلیس) ایران به خودرو حامل اتباع افغانستان، اعلام کرد که این خودرو به‌دلیل سرعت بالا و برخورد شدید با گارد‌ریل کنار جاده آتش گرفته است.»

پیش‌تر احمد ترحمی بهابادی، معاون سیاسی امنیتی استاندار یزد، در گفت‌وگو با خبرگزاری ایرنا گفته بود خودرو حامل اتباع غیرقانونی پس از آن هدف تیراندازی نیروی انتظامی قرار گرفت که به‌رغم «اخطارهای مکرر قانونی و شلیک هوایی»، به حرکت ادامه داده است. بهابادی گفت لاستیک/تایر خودرو «هدف تیر اخطار قرار گرفت اما راننده خودرو با حرکت بر روی رینگ و استفاده از مواد محترقه دودزا، همچنان به فرار ادامه داد که به‌دلیل جرقه‌های ناشی از حرکت بر روی رینگ، سرعت بالا و وجود مواد محترقه، این خودرو طعمه حریق شد».

کشته شدن مهاجران افغان در استان یزد ایران در میان کاربران رسانه‌های اجتماعی افغانستان بازتاب گسترده‌ای داشته است. تصاویر منتشر‌شده از این حادثه، نشان می‌دهد که چند تن در صندوق عقب خودرو در آتش می‌سوزند و تصویر یکی از مهاجران که در کنار جاده، با گریه می‌گوید «کمی آب بیار که سوختم»، بارها ازسوی کاربران بازنشر شده است.

این حادثه در حالی رخ می‌دهد که ماه گذشته، گزارش‌هایی منتشر شده بود از اینکه مرزبان‌های جمهوری اسلامی ایران، گروهی از مهاجران افغان را پس از ورود به خاک ایران، بازداشت و شکنجه و در دهنه ذوالفقار، مجبور به پریدن در رودخانه هریرود و بازگشت به کشورشان کرده‌اند. براساس گزارش‌ها، در این ماجرا، از ۴۶ مهاجر افغان، ۱۰ نفرشان غرق شده‌اند که جسد آن‌ها پیدا شده، ۲۱ نفر نجات یافته‌اند و ۱۵ تن دیگر مفقودند.

مقام‌های جمهوری اسلامی با این‌که ابتدا نقش داشتن نیروهای مرزی ایران در ماجرای غرق شدن مهاجران را تکذیب کردند، اما سرانجام، هیات بلندپایه وزارت امور خارجه ایران برای شرکت در تحقیق مشترک پیرامون این موضوع به کابل رفت. تاکنون نتایج تحقیق مشترک افغانستان و ایران در این مورد منتشر نشده است.