در حالی که مقام‌های ارشد جمهوری اسلامی از جمله حسن روحانی رییس‌جمهوری، حسین سلامی، فرمانده کل سپاه پاسداران و همچنین امیر حاتمی، وزیر دفاع، در پیام‌های خود از محسن فخری‌زاده به عنوان «دانشمند» یا «دانشمند برجسته» نام برده و عمدتا به فعالیت‌های او در وزارت دفاع اشاره کردند، فریدون عباسی، رییس کمیسیون انرژی مجلس، در یک برنامه تلویزیونی به این اقدام اعتراض کرد و گفت که مقام‌های جمهوری اسلامی نباید عنوان «دانشمند هسته‌ای» در مورد فخری‌زاده را انکار کنند.

پیشتر رسانه‌های بین‌المللی از فخری‌زاده به عنوان یکی از مدیران اصلی فعالیت‌های هسته‌ای جمهوری اسلامی و در مواردی از او به عنوان مسئول برنامه‌های هسته‌ای نظامی جمهوری اسلامی نام برده بودند. همچنین مقام‌های آژانس بین‌المللی انرژی اتمی نیز سال‌ها پیش خواهان انجام مصاحبه با او شده بودند، اما مقام‌های جمهوری اسلامی تاکنون به طور رسمی سمت فخری‌زاده به ویژه در خصوص فعالیت‌های هسته‌ای را اعلام نکرده‌اند.

امیر حاتمی، وزیر دفاع، شامگاه جمعه و پس از ترور فخری‌زاده در یک برنامه تلویزیونی گفت که «فخری‌زاده مدیر پدافند هسته‌ای ایران» بوده و به همین دلیل با دانشمندان هسته‌ای و برنامه‌های هسته‌ای ایران ارتباط داشته است.

وزیر دفاع همچنین گفت که فخری‌زاده در دوره‌ای «معاون وزیر دفاع و رییس سازمان پژوهش و نوآوری دفاعی کشور» بوده و «نوآوری‌های فناورانه» نیز داشته است.

در میان مقام‌های جمهوری اسلامی تاکنون علاوه بر روحانی که از عنوان «دانشمند» برای فخری‌زاده استفاده کرده‌ است، فرمانده کل سپاه پاسداران نیز از فخری‌زاده به عنوان «دانشمند شاخص عرصه صنایع راهبردی و دفاعی و استاد دانشگاه امام حسین» نام برده است.

رییس کمیسیون انرژی مجلس در یک برنامه تلویزیونی تاکید کرد که مقام‌های جمهوری اسلامی نباید عنوان «دانشمند هسته‌ای» در مورد فخری‌زاده را انکار کنند.

او تاکید کرد: «کسی نباید هسته‌ای بودن فخری‌زاده را انکار کند، چون زمینه‌ای برای مذاکرات بعدی و به زانو درآوردن ایران است.»

عباسی که نزدیک به یک دهه قبل از یک عملیات ترور مشابه جان به در برد و پس از آن در دولت محمود احمدی‌نژاد برای مدتی به ریاست سازمان انرژی اتمی منصوب شد، همچنین ضعف سازمان‌های امنیتی جمهوری اسلامی در قبال ترورها را نیز رد کرد.

او گفت: «برنامه ترور فخری‌زاده به دهه ۸۰ برمی‌گردد. دستگاه‌های امنیتی و حفاظتی ما خیلی خوب عمل کردند. ترورها ضعف دستگاه‌های امنیتی ما نیست. تاخیر در ترورها نشانه قوت دستگاه امنیتی ماست.»

این درحالی است که ابراهیم رئیسی، رییس قوه قضاییه، در پیام خود تاکید کرد که «تکرار چنین حوادثی» قابل قبول نیست.

رییس قوه قضاییه تاکید کرد که «دستگاه‌های اطلاعاتی و امنیتی و مراجع قضایی ذی‌ربط، موظفند در اسرع وقت و با به‌کارگیری تمام توان اطلاعاتی در جهت شناسایی و دستگیری عناصر مزدور و جنایت‌کار» اقدام کنند.

او افزود «کلیه‌ دست‌اندرکاران این جنایت اعم از آمران، طراحان و مباشران» باید «مورد محاکمه قرار گرفته و به سزای اعمالشان» برسند.