شبنم نعمت‌زاده،روز یک‌شنبه بازداشت شد. بازداشت یکی از فرزندان محمدرضا نعمت‌زاده، با سال‌ها سابقه وزارت در دولت‌های مختلف جمهوری اسلامی در روز قبل از روزهای مذهبی «تاسوعا و عاشورا» درحالی انجام شد که بلافاصله  اسدالله مسعودی‌مقام، قاضی ویژه پرونده‌های مفاسد اقتصادی، اعلام کرد که جلسه رسیدگی به پرونده شبنم نعمت زاده دوشنبه هفته آینده بیست و پنجم شهریور ماه برگزار می‌شود.

بنابر آنچه اعلام مرکز رسانه قوه قضاییه، دلیل بازداشت شبنم نعمت‌زاده این است که پیشتر برای او «قرار وثیقه» صادر شده بود اما این قرار روز یک‌شنبه هفدهم شهریور، از سوی دادگاه به «قرار بازداشت موقت» تبدیل  شد و او به زندان منتقل شد.

اسدالله مسعودی‌مقام، قاضی ویژه پرونده‌های مفاسد اقتصادی بعد از صدور قرار بازداشت شبنم نعمت‌زاده گفت که بخشی از پرونده اتهامی نعمت‌زاده و هم پرونده او، احمدرضا لشگری‌پور، مدیرعامل و رییس هیات مدیره شرکت توسعه دارویی رسا، را «انحصار دارو و تحصیل مال از طریق نامشروع در یک شرکت توسعه دارویی» و میزان آن را ۱۸۰ میلیارد تومان است.

مرداد سال ۱۳۹۷ خبری مبنی بر کشف انباری در استان البرز از داروهای احتکار شده به ارزش پنج میلیارد تومان منتشر شد و برخی آن را متعلق به دختر نعمت‌زاده وزیر اسبق صنعت، معدن و تجارت دانستند. در بررسی‌های اولیه مشخص شد که تعداد زیادی از این داروها تاریخ مصرف گذشته و اغلب این داروها جزو داروهای جنرال و مکمل‌ها بوده است.

یاسر رایگانی، سخنگوی سازمان تعزیرات حکومتی، همان زمان اعلام کرد که شبنم نعمت‌زاده در جریان کشف انبار دارو دو پرونده داشته است که «یکی از این پرونده‌ها به ارزش یک میلیارد و ۲۰۰ میلیون تومان و دیگری به ارزش پنج میلیارد تومان بوده است که برای پرونده اول، حکم صادر و اجرا شده و تمامی داروهای انبار با هزینه شخصی خود وی معدوم شده است و در پرونده پنج میلیاردی که مربوط به قاچاق دارو است، مفتوح بوده و به دلیل اینکه در صلاحیت تعزیرات نبود به دادسرای استان کرج ارجاع شد.»

محمدرضا نعمت‌زاده پس از مدتی بدهکاری کلان دخترش به سیستم دارویی کشور را تایید کرد و گفت: «دخترم در گذشته بر اساس مجوزهایی واردات دارو انجام می‌داد اما در چند سال گذشته با همکاری فردی یک شرکت پخش راه‌اندازی کرد که در طول یک سال اخیر فروش آن‌ها متوقف شده و مشغول پرداخت بدهی این شرکت است.»

نعمت‌زاده گفته بود که «فرد متخلف در شرکت پخش فرار کرده و دخترم درگیر بازپرداخت بدهی‌ها است.»

اما ماجرای دختر وزیر پیشین صنعت، معدن و تجارت دولت حسن روحانی به پرونده کشف انبار دارو محدود نشد. اسم شبنم نعمت‌زاده از اسفند ۱۳۹۶  تا اسفند ۱۳۹۷ طی یک سال در دو مورد دیگر نیز رسانه‌ای شد.

ابتدا در اسفند ۱۳۹۶ رسانه‌ها از بدهکاری ۳۵۰ میلیارد تومانی شرکت دارویی او به چند شرکت دارویی خبر دادند و منصور سمیعی مدیرعامل و عضو هیات مدیره شرکت سرمایه گذاری شفادارو به استناد صورت‌های مالی سه شرکت اسوه، راموفارمین و جابر، به مطالبات میلیاردی از «شرکت توسعه دارویی رسا» اشاره کرد.

او گفت که «شرکت‌های داروسازی موظف به ارائه داروها به شرکت‌های پخشی هستند که دارای پروانه از وزارت بهداشت باشند که شرکت پخش توسعه دارویی رسا هم در این زمره است، اما این مشکل فقط مربوط به شفا دارو نیست و خوشبختانه کمترین مقدار از کل مطالبات ۳۵۰ میلیارد تومانی از این شرکت، به شفادارو تعلق دارد.»

سپس در مرداد ماه ۱۳۹۷ خبر کشف انبار داروی متعلق به شرکت شبنم نعمت‌زاده در رسانه‌ها منتشر شد و پس از آن هم خبر ساخت ویلای بزرگ او در لواسان که عنوان شد با زیربنای بیشتر از «مجوزهای اخذ شده» ساخته شده است.

مقام‌های قضایی لواسان در اسفند ۱۳۹۷ اعلام کردند که حدود یک هزار متر بنای غیرمجاز از ویلای شبنم نعمت‌زاده با حکم دادستانی لواسان تخریب شده است.

ویلای شبنم نعمت‌زاده در لواسان که محل سکونت او نیست در یک سال گذشته یکی از محل‌هایی بود که به طور مداوم شاهد برگزاری تجمع و کنفرانس خبری شماری از نیروهای جوان جناح اصولگرا بود که تحت عنوان « انجمن عدالتخواه دانشجویی» فعالیت می‌کنند.

هنوز جرییات بیشتر از اتهام‌های وارد شده به شبنم نعمت‌زاده اعلام نشده است و معلوم نیست که پرونده قضایی او در شرکت‌های دارویی و از جمله «شرکت توسعه دارویی رسا» و «رسا فارمد» به اتهامات برخی نمایندگان و رسانه‌ها علیه پدرش، محمدرضا نعمت‌زاده، وارد شده، پیوند خواهد خورد یا نه.

احمد توکلی در دی ماه ۱۳۹۵ طی نامه‌ای به اسحاق جهانگیری، معاون اول روحانی، خواهان عزل محمدرضا نعمت‌زاده، وزیر وقت صنعت، معدن و تجارت شده و تاکید کرده بود که «شواهد متعدد نشان می‌دهد آقای نعمت زاده متاسفانه مصداق مشکل فساد انگیز فوق است و در موارد متعدد میان منافع شخصی و اهداف عمومی، اولی را ترجیح داده است.»

توکلی در نامه خود از جمله اشاره کرد که «درخواست وزیر مذکور[نعمت‌زاده] برای آنکه گمرک ایران از جریمه قانونی سه هزار میلیارد تومانی شرکت ال‌جی به خاطر تقلبات گمرکی این شرکت، چشم بپوشد، غیرقانونی و ضد منافع ملی است».

این نماینده پیشین مجلس همچنین در نامه خود نوشته بود: «نعمت‌زاده در جلسه علنی ۱۶ آذر ۱۳۹۴ مجلس اذعان کرد که در ۱۹ شرکت عضو هیات مدیره بوده ولی مدعی شد که اغلب این عضویت در هیات مدیره‌ها به دلیل استفاده از تجربیات ۴۰ ساله وی و بدون سهامداری واقعی بود.»

توکلی در نامه خود به جهانگیری نوشته بود: «این خلاف‌گویی محمدرضا نعمت‌زاده در مجلس، وقتی آشکار می‌شود که بدانیم که همسر وی، خانم مریم بختیار و دخترانش شبنم و زینب نعمت‌زاده هم اکنون در ۱۰ شرکت مدیرعامل، رییس، نایب‌رییس و عضو هیات مدیره یا بازرس هستند.»